Ялівець може взаємодіяти з антикоагулянтами, збільшуючи ризик кровотеч. Тому він небезпечний для людей, які приймають відповідні препарати, а також напередодні хірургічних втручань.
Більшість видів ялівцю містять токсичні речовини, що вражають центральну нервову систему, травний тракт, нирки і не тільки їх. З цієї причини ялівець небажано висаджувати там, де є діти чи домашні вихованці, оскільки і ті, й інші здатні спробувати невідому їм рослину на смак.
Наприклад, ялівець звичайний, не сприйнятливий до іржі груші, є переносником іржі яблуні. Крім того, груша може заразитися навіть від ялівцю, що росте на відстані до 2 км від саду. І ви не зможете проконтролювати видалення всіх ялівців в окрузі.
Деякі сорти ялівцю містять безпечну, низьку кількість туйону, в той час як інші сорти містять високі рівні і можуть викликати у вас сильне нездужання. Ялівець звичайний, Juniperus communis, є сортом, який найчастіше використовується для приготування джину, ліків та страв. він вважається безпечним для вживання людиною .